Die Geschichte der Kirche geht zurück in das Jahr 851, als erstmals eine Pfarrkirche in Waldsee erwähnt wird. 1181 etablierte sich an der Kirche ein Augustinerchorherrenstift. Die heutige Kirche entstand ab 1479 als gotische, dreischiffige Basilika. Ab 1709 wurden sowohl das Äußere als auch das Innere der Basilika barockisiert. Das Kirchenschiff wurde ab 1765 nach Westen verlängert und mit den beiden mächtigen Doppeltürmen abgeschlossen. Das Stift bestand bis 1788.
Die beiden Türme der Stadtpfarrkirche St. Peter und Paul, Bad Waldsee wurden in den Jahren 1911 und 1912 neu mit Kupfer eingedeckt. Ersetzt wurde eine schadhaft gewordene Blechdeckung aus verzinntem Stahlblech, braun gestrichen aus dem Jahre 1834. Beide Türme zusammen haben eine Dachfläche von etwa 450qm. In Bad Waldsee wird der Nordturm als Frauenturm und der Südturm als Männerturm bezeichnet. Der Frauenturm wurde 1911 von der ortsansässigen Flaschnerei Stöckler, der Männerturm 1912 von der ortsansässigen Flaschnerei Fränkel neu mit Kupferblech gedeckt. Zur Ausführung kam eine so genannte Tafeldeckung, eine Spiegeldeckung
Schäden im Bereich der Traufe mussten bei der Sanierung behoben werden, da die Einhängebleche aus Stahl durchgerostet waren. Die Traufkante haben wir konstruktiv verbessert. Es wurden Vorsprungbleche mit einem etwas größeren Überstand zum Traufgesims eingebaut. Die Blechscharen wurden verlängert und mit den Vorsprungstreifen zusammengefalzt.
